案由：
動保法通過12年，台灣動保工作遲遲沒有進展，其中最重要的因素是動物保護行政組織結構，出了某些問題，使得動保業務運作的窒礙難行、停滯不前。目前歐洲多數國家之動保業務，皆有動物福利專責單位。反觀我國，由農委會畜牧處下的動物保護科所職掌，為中央政府組織最低層級，不但經費與人員極缺，亦無法監督指揮地方執行機關，更別談跨部會協調。隨著社會的變遷，動保的相關業務不斷增加，人民的要求與期待也愈趨多元化，急需設立起一個專責機關以解決現況的不足。
民國100年行政院組織法通過後，在動保團體要求設立動保司的呼聲下，農委會版的「農業部組織條例草案」中，遂將「畜產」與「動保」合併為「畜產及動物保護司」。前者考慮經濟效益，後者則考量人道水平，必然產生諸多矛盾與弊端，對動物保護工作的推動極為不利。懇請支持獨立設立「動物保護司」，動保困境才能在體制結構上，獲得根本突破。
台灣比賽用的神豬乃由專業養豬戶飼養販賣，對於客家族群和動保團體聯合反對神豬比賽，
農委會畜牧處卻表示「這些行為是民俗文化，是否有虐待動物很難認定」。
在經濟利益的考量下，動物保護在「法律不能對抗民俗」的荒謬論調下被犧牲。
台灣充斥著諸如上述的「動物表演秀」──豬跳火圈、猴子騎單車、鱷魚拔河等──明顯觸犯動保法第6條「任何人不得惡意或無故騷擾、虐待或傷害動物」之規定。諸如「跳火圈」這類表演行為，違反動保法乃有例可循：2006年新象馬戲團來台時，老虎跳火圈即因動物安全為由依法禁止。然而，農委會畜牧處卻說「在動物的表演裡面並沒有虐待的過程，國外先進國家也有動物表演」。畜牧思維的動保觀念使動保法形同虛設。反觀動保先進國家，如英國，即已承認「讓動物承受非必要之痛苦」即屬違法。
一、 非法繁殖不嚴重？官民認知落差極大
台灣對同伴動物(寵物)的買賣向來缺乏管理，而媒體對「品種」的商業炒作更刺激民眾的購買行為，這又使繁殖場變本加利的以殘忍方式繁殖名犬，牟取暴利，而那些失去市場行情的幼犬或已不能生育的母狗，不是任其餓死就是丟棄。農委會畜牧處從未承若從源頭──繁殖業者──進行控管，卻說「非法繁殖不嚴重，不應該講非法繁殖很嚴重，2009年只有16件，2010年只有22件」。政府消息不靈通卻認為「非法繁殖不嚴重」。高雄市關懷流浪動物協會表示「不時接到檢舉並查到大型非法繁殖場，例如2009年高雄旗山查到的大型繁殖場名種狗數量驚人，甚至還有催產素，不斷讓母狗發情懷孕，賺的全是暴利，一個月輕而易舉淨賺30萬」。
吳宗憲／台南大學行政管理系助理教授 郭怡貞／台南大學行政管理系
一提到動物保護的問題，許多人便認為，追根究底都是政府做的不夠、執行不利。經筆者研究發現，目前存在台灣的動物保護行政組織結構，確實出了某些問題，使得動保業務運作的窒礙難行、停滯不前。但藉由對行政組織結構更深入的了解，也使問題的癥結浮出檯面，讓我們能更清楚的掌握全局，因而想出對策以對症下藥。本文將介紹政府機關內部如何互動、與民間團體的合作關係，以及在這之中的困難與障礙。
一、「動物保護」誰在負責？
精神錯亂現象之二
農委會畜牧處近年來推廣鹿茸，不遺餘力。但鹿茸生產過程其實很殘忍。看看中醫師寫的文章，再想想畜牧處長的話：「經濟動物的福利由畜牧來做最好，放在畜牧下面做才能做的最透徹」。許處長，您也未免太扯了。
畜產與動保都是畜牧處管，大力推廣血腥鹿茸很正常，顧不了鹿的可憐了。
